Covid-19: pourquoi détecter le variant anglais reste aussi compliqué?

Reportage RMC à Saint-Ouen-l'Aumône, dans le Val-D'Oise, au coeur d'un laboratoire équipé pour détecter ce variant anglais du coronavirus.

Nom de code: "+VOC 202012/1+". Jeudi, le ministère de la Santé avait annoncé la détection de deux "clusters à risque" du variant britannique du coronavirus, plus transmissible, en Bretagne et à Bagneux, en Ile-de-France.

La personne testée positive en Ile-de-France au variant britannique du coronavirus est un accompagnant d'élèves handicapés qui intervient dans une école maternelle et un collège de Bagneux, dans les Hauts-de-Seine. Cet accompagnant, dont le genre n'a pas été précisé, a été isolé à la suite d'un test positif au Covid-19 mené avant les vacances de Noël. C'est dans un second temps que la souche du variant britannique au coronavirus a été identifiée, selon le ministère.

Finalement, la première contamination du cluster détecté dans un centre gériatrique près de Rennes ne correspond pas au variant britannique du coronavirus, a annoncé vendredi l'Agence régionale de Santé Bretagne dans un communiqué. Neuf personnes au total présentent une forme variante du virus, détectée à l'unité de soins longue durée du Pôle gériatrique rennais de Chantepie (Ille-et-Vilaine).

"Lire les séquences du virus"

Reste une question: dans les deux cas, cela a pris du temps. Et pour cause: l'enjeu est aujourd'hui de dépister... parmi les personnes testées positives. Mais comment faire?

Comme un défaut de fabrication, certains tests PCR positifs détectent une anomalie au moment de révéler leur résultat. Le patrimoine génétique du virus ne colle pas tout à fait avec celui du Covid-19 initial constate Stéphanie Haïm-Boukobza, virologue. 

“On sait qu’il y a certains tests qui peuvent délivrer un signal partiel, défectueux, qui permet d’orienter certains positifs vers possiblement la présence du variant anglais. C’est un premier signal qui permet de nous alerter”, explique-t-elle. 

Pour s'en assurer, il faut "séquencer". Devant son écran?Stéphanie Haïm-Boukobza analyse le prélèvement pour comparer les deux souches. 

“On va lire les séquences du virus comme si on lisait dans un livre dans un livre où chaque gène du virus correspondait à un chapitre. Ensuite on va regarder tous les mots de chaque chapitre pour voir si dans les mots, certains ont varié et là ça voudra dire qu’on est en présence de mutants et possiblement du variant anglais”, indique-t-elle. 

Une course contre la montre

Une opération lente, trois jours de travail, et chère mais cruciale pour cartographier rapidement la diffusion de ce variant britannique surveillé comme "le lait sur le feu" par le gouvernement. Plus contagieux, entre 40 et 70 %, il est donc plus difficile à contrôler, explique Anne Claude Crémieux, professeure en maladies infectieuses à l'hôpital Saint-Louis à Paris. 

“Il faut absolument s’efforcer de limiter la diffusion de ce virus sur le sol français. Il faut gagner du temps parce que pendant ce temps-là, on peut élargir la couverture vaccinale. C’est donc une course qui s’engage entre le virus, ce nouveau variant et notre capacité à limiter les conséquences sanitaires du virus par la vaccination”, pointe-t-elle.

Appelés VOC 202012/01 pour le britannique et 501.V2 pour le sud-africain, ces variants inquiètent la communauté internationale. Inquiet d'une situation sanitaire "plus fragile", menacée par le variant britannique plus contagieux, Jean Castex a maintenu toutes les restrictions sanitaires en vigueur et compte étendre le couvre-feu à 18h à dix nouveaux départements, tout en promettant d'accélérer la vaccination.

Tous les établissements et équipements actuellement fermés en raison de l'épidémie de coronavirus "le resteront encore jusqu'à la fin de ce mois", a annoncé jeudi le Premier ministre. Les bars et restaurants ne rouvriront pas avant "a minima mi-février". Le Premier ministre n'a pas exclu des "mesures nationales supplémentaires" si "cela s'avérait nécessaire".

Caroline Philippe avec Guillaume Descours